Seminario 03/05: Estudio de la diversidad genética de los segmentos VP4, VP6 y VP7 de Rotavirus grupo A

Título: Estudio de la diversidad genética de los segmentos VP4, VP6 y VP7 de Rotavirus grupo A

Disertante: Lic. Jonathan Aguilera

Director: Dr. Miño, Orlando Samuel

Codirector: Dra. Salvatierra, Karina Alejandra

Laboratorio de Biología Molecular Aplicada. Módulo de Bioquímica y Farmacia, FCEQyN – UNaM

Resumen:

Los Rotavirus grupo A (RVA), son los principales agentes etiológicos responsables de gastroenteritis agudas en niños menores de cinco años alrededor del mundo. También afectan a mamíferos y aves juveniles. El virión completo de RVA es una partícula icosaédrica, compuesta de tres capas concéntricas de proteínas que envuelven 11 segmentos de ARN de doble cadena (ARNds) que codifican 6 proteínas estructurales (VP1-VP4, VP6 y VP7) y cinco o seis para proteínas no estructurales (NSP1-NSP5/6). En 2008 se implementó un sistema de clasificación basado en el genoma completo de RVA. Este sistema asigna un genotipo específico para cada uno de los once segmentos de una cepa particular de acuerdo con valores de corte establecidos. Desde la implementación de este sistema, el número de genotipos ha aumentado sustancialmente: para VP7 (G19-G36), VP4 (P[27]-P[51]), VP6 (I11-I26), VP1 (R4-22), VP2 (C5-C20), VP3 (M6-M20), NSP1 (A14-A31), NSP2 (N5-N22), NSP3 (T7-T22), NSP4 (E11-E27) y NSP5/6 (H6-H22). Por esto, el objetivo de este trabajo fue analizar la variabilidad genética de las proteínas estructurales VP4, VP6 y VP7 y compararla con los valores de corte de cada genotipo. Matrices de alineamientos múltiples fueron construidas para analizar las distancias genéticas par cada gen y llevar a cabos análisis filogenéticos para evaluar si los genotipos estaban correctamente asignados considerando los valores de corte establecidos. Las distancias genéticas mostraron que la mayoría de las cepas se agrupan correctamente en los genotipos determinados a priori. No obstante, se encontraron cepas en 4 genotipos de VP4, 3 de VP6 y 5 de VP7 que no cumplían con los criterios para ser incluidos en los genotipos en los que se encontraban. El sistema de clasificación es flexible respecto a cómo tratar las secuencias que caen por debajo de los valores de corte, o que se encuentran en una zona de distancia intermedia entre dos genotipos. Nuevos valores de corte o nuevos criterios de agrupamiento (rango de huéspedes, geografía y/o constelaciones genómicas) para la asignación de genotipos podrían solucionar este problema y fortalecer el sistema de clasificación actual. Este trabajo destaca nuestro conocimiento actual sobre la variabilidad de nucleótidos de las principales proteínas antigénicas de Rotavirus, así como preguntas fascinantes a las que enfrentarse. Además, destaca la necesidad de que se mantenga el trabajo continuo del RCWG.

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