Curso Introductorio de Herramientas Bioinformáticas para el Análisis de Genomas Bacterianos

Curso dirigido a profesionales y graduados de carreras del área de la salud y ciencias biomédicas orientados al estudio de bacterias.

Docentes responsables:
Dra. Cecilia Quiroga
Lic. Gabriela Cerbino
Mgr. Teolincacihuatl Ayala Nuñez
Lic. Daniela Pirajan
Lic. Francisco Sanhueza Salas
IMPaM (UBA-CONICET), Facultad de Medicina, UBA.

Modalidad: teórico-práctico, virtual sincrónico.

Fecha: 23 al 27 de Septiembre de 2024
Horario: de 9 a 17h
Duración: 40h

Objetivo: Formar a estudiantes de posgrado y profesionales sobre el uso y aplicación de diferentes herramientas in silico para el análisis de secuencias de ADN y genomas bacterianos.

Programa:

Módulo 1
1) Introducción a la Bioinformática.
2) Comparación de secuencias (algoritmos y bases de datos)

Práctica I:
i) Comparación y análisis de secuencias nucleotídicas y aminoacídicas mediante la herramienta BLAST -

Módulo 2
1) Principios de la técnica de secuenciación automática (análisis de calidad de cromatogramas)
2) Diseño de primers (criterios y utilidad)

Práctica II:
i) Diseño de primers mediante programas de libre acceso.
ii) Análisis de cromatogramas y secuencias

Módulo 3
1) Análisis múltiple de secuencias: herramientas y usos.

Práctica III:
i) Análisis múltiple de secuencias usando programas de libre acceso.
ii) Determinación de motivos y residuos conservados en ejemplos de alineamientos múltiples
iii) Identificación y visualización de residuos conservados

Módulo 4
1) Análisis filogenéticos: algoritmos y criterios para la construcción de árboles
2) Introducción al entorno Galaxy

Práctica IV:
i) Construcción de árboles filogenéticos a partir de alineamientos múltiples con programas de libre acceso.

Módulo 5
1) Conceptos generales de NGS: secuenciación, ensamblado, anotación y análisis de genomas

Práctica V:
i) Revisión de ensamblado de genomas y publicación en base de datos públicas

Módulo 6
1)Conceptos generales sobre el análisis de genomas bacterianos.

Práctica VI:
i) Visualización de secuencias usando programas de libre acceso.
ii) Análisis de genomas core y accesorio con Roary.

Módulo 7
1) Análisis de genomas accesorios: moviloma y resistoma.

Práctica VII:
i) Empleo e interpretación de diversos programas de acceso libre para el estudio del mobiloma y resistoma.

Módulo 8
1) Análisis de genomas accesorios: viruloma y defensoma.

Práctica VIII:
i) Empleo e interpretación de diversos programas de acceso libre para el estudio del viruloma y defensoma.

Módulo 9
1) Análisis comparativo de genomas: conceptos generales.

Práctica VI:
i) Empleo de programas para el comparativo de genomas e integración de resultados