Laboratorio de Investigación en Biología de los ARNs Bacterianos

 

Directora:

Dra. Quiroga, Cecilia

 

Integrantes:

Lic. Ayala Nuñez, Teolicancihuatl

Lic. Batillana, Marina

Lic. Collivadino, Leandro

Lic. Gonzales Machuca, Adrián

Lic. Molina, María Carolina


Nuestro grupo se dedica a estudiar los ARN no codificantes (ARNnc) presentes en bacterias gram negativas, que participan tanto en la adquisición de material genético y en el rearreglo de genomas así como también las plataformas genéticas que los contienen. En este grupo se encuentran los sistemas CRISPR-Cas, los intrones del grupo II y los pequeños ARN no codificantes (sRNA).
Los sistemas CRISPR-Cas son considerados el sistema inmune adaptativo de las bacterias que actúan como mecanismo de defensa frente a la invasión de elementos genéticos móviles (EGM), tales como fagos y plásmidos. Nuestro grupo está enfocado a estudiar la función y estabilidad de los sistemas tipo I-f, I-e y III-b frente a diversas factores externos y celulares.
Por otro lado, tanto los intrones de clase C-attC como los sRNA captaron nuestra atención ya que pueden ser diseminados por EGMs. Los primeros están generalmente asociados a integrones portadores de cassettes de resistencia a antibióticos en bacterias multirresistentes; mientras que los sRNA son moléculas de ARN que regulan una gran variedad de procesos celulares. Varios EGMs pueden contener ambos tipos de ARNnc, sin embargo los elementos integrativos y conjugativos (ICE) son plataformas de gran tamaño que poseen una gran variedad de genes con funciones diversas. Esta línea de investigación está orientada a estudiar el impacto que ejerce la adquisición de grandes plataformas genéticas mediante la caracterización de la expresión y actividad de posibles ARNnc codificados en la misma y la evaluación de la respuesta del hospedador a un nuevo material invasor.


Publicaciones destacadas:

- Parmeciano Di Noto G, Ramírez MS, Centrón D, Iriarte A, Quiroga C. ICE SXT vs. ICESh95: Co-existence of Integrative and Conjugative Elements and the Competition for a New Host. En prensa Sci Reports SREP-18-30278.
- Parmeciano Di Noto G, Molina MC, Quiroga C. Insights into non-coding RNAs as novel antimicrobial drugs. Front Genetics doi: 10.3389/fgene.2019.00057.
- Wolf RI, Paschoal AR, Quiroga C, Silva Domingues D, Fernandes de Souza R, Vilas-Boas LA. Annotation and distribution of ncRNA families in genomes of Streptococcus agalactiae. BMC Genomics. 2018;19(1):556
- Quiroga C, Nastro M, Di Conza J. Current scenario of plasmid mediated colistin resistance in Latin- America. Rev Arg Microbiol. 2018 pii: S0325-7541(18)30052-X. doi:10.1016/j.ram.2018.05.001.PMID:29945744
- Abele D, Vazquez S, Buma A, Hernandez E, Quiroga C, Helmke E, Held C, Frickenhaus S, Harms L, Lopez JL, McCormack W. Pelagic and benthic communities of the Antarctic ecosystem of Potter Cove: genomics and ecological implication. Mar Genomics 2017; 33:1-11. doi.org/10.1016/j.margen.2017.05.001. PMID: 28479280
- Parmeciano Di Noto G, Jara E, Iriarte A, Centrón D, Quiroga C. A novel ICE element contributes in the dissemination of antimicrobial resistance in the clinical strain Shewanella sp. Sh95. Microbiology. 2016;162(8):1335-45. DOI: 10.1099/mic.0.000310. PMID: 27215217
- Parmeciano Di Noto G, Iriarte A, Vázquez SC, Mac Cormack WP, Quiroga C. Draft genome of Shewanella frigidimarina Ag06-30, a marine bacterium isolated from Potter Peninsula, King George Island, Antarctica. Genome Announc 2016;4(3).
- Quiroga C, Krosntad L, Ritlop C, Filion A and Cousineau B. Contribution of base pairing interactions between group II intron fragments during trans-splicing in vivo. RNA 2011;17:2212-2221. PMID: 22033330 PMCID: PMC3222133
- Quiroga C, Centrón D. Using genomic data to determine the diversity and distribution of target site motifs recognized by class C-attC group II introns. J Mol Evol. 2009;68(5):539-49. PMID: 19449055
- Quiroga C, Roy PH, Centrón D. The S.ma.I2 class C group II intron inserts at integron attC sites. Microbiology. 2008;154(Pt 5):1341-53. PMID: 18451043